松本零士の代表作。1977年 - 1981年、少年画報社「少年キング」にて、同誌の看板作品として連載された。
ヒットコミックス全18巻。第23回（1977年度）小学館漫画賞受賞。
1981年に連載を終了して、当初はこれをもって完全に完結し続編はないとしていた。
しかし、1996年から続編の連載を小学館「ビッグゴールド」誌上で描き始め、「ビッグコミック」を経てWebで不定期連載し、松本は999話まで描きたいとした。
正式名称ではないものの、「少年キング」版を「アンドロメダ編」、1996年からの新作を「エターナル編」とファンの間で便宜上の仮称がつけられている。
宮沢賢治の『銀河鉄道の夜』とモーリス・メーテルリンクの『青い鳥』をヒントに執筆が始められ、全体的に寓話性や教訓性がやや強いものの、物語や登場人物の印象的な描写によって多くのファンを得た。
物語の枠組みは『銀河鉄道の夜』に登場する銀河鉄道を元にしているが、列車や運行システムの細部は日本の旧国鉄をモデルとしている。松本自身が『銀河鉄道の夜』『青い鳥』と共に、SLに乗って東京へ行った青春時代の体験がもとになっていることを述べている。

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 17年の歳月を経て、再び製作された劇場版第3作。スタッフは一新され、CGを用いた新時代の銀河鉄道999が生み出された。
あの旅から1年。かつて女王プロメシュームを倒して英雄として迎えられた鉄郎は、今や危険分子として地下牢に監禁されていた。
そんなある日、鉄郎の耳にあの懐かしい999号の汽笛が響いた。
そして999号に救われた鉄郎はメーテルと再会し、新たなる銀河に旅立った。
氷の中に閉じ込められた少女に似たイーゼル、鉄郎たちの命を狙う女騎士ヘルマザリア。
様々な運命を背負った人々との出会い、そして別れ。鉄郎とメーテルを乗せた999号は、アルテメータ星系にある光の大星雲エターナルに向かう・・・。

さよなら銀河鉄道999 -アンドロメダ終着駅-

(劇場版) [DVD]999		 1979年公開の『銀河鉄道999（劇場版）』の大ヒットを受け、81年に「銀河鉄道999」完結編として製作・公開された劇場用長編アニメーションの傑作。
地球では人間と機械化人との戦いが本格化し、帰還した鉄郎もその中で共に戦っていた。そこへメーテルからのメッセージが届く。
999に乗れと。戦火の中、命からがら乗り込んだ999はオート・コンピュータ化され、再会した車掌も行き先はわからないという。そしてメーテルはそこにいなかった。
行き先も、メーテルからのメッセージの目的もわからないまま、鉄郎は再び大宇宙へと旅立つ。今回もハーロックやエメラルダスなど、松本零士キャラクター総登場で、これまでのあらゆる謎に対して決着が付けられる、「銀河鉄道999」第1期完結編